Ci si trova a meno di due nanometri dall'interfaccia di legame tra un anticorpo e il suo antigene, sospesi nell'abisso stretto tra due pareti di densità elettronica che si avvicinano lentamente l'una all'altra come continenti in collisione molecolare: da un lato, la massiccia struttura a sandwich beta del frammento Fab si erge come una scogliera di peltro pallido, coronata dai sei loop CDR che si protendono in avanti — il loop H3 color ambra che descrive un arco caldo e brunito, il loop L3 turchese che serpeggia dall'angolo opposto, entrambi avvolgendo l'epitopo antigenico convesso come le dita di una mano gigantesca intorno a un promontorio arrotondato. Le molecole d'acqua vengono espulse dall'interfaccia che si asciuga, schizzando via come scintille di uno specchio infranto, ciascuna un piccolo dipolo che cattura per un istante la luce diffusa dell'ambiente acquoso prima di dissolversi nel solvente circostante. Attraverso il divario residuo — largo appena pochi angström nel punto più stretto — si formano ponti idrogeno color ciano che si stabilizzano uno ad uno come archi luminosi nell'oscurità, fili di densità elettronica condivisa che consolidano il riconoscimento molecolare nella zona di contatto di cinque per sei nanometri. L'intera scena è immersa in una luce ambientale blu-bianca pervasiva, quella del solvente acquoso che penetra ovunque come una nebbia luminosa e calda, mentre la pressione termica del bombardamento browniano si avverte come un peso tangibile proveniente da ogni direzione — un universo senza gravità, fatto di campi elettrostatici, superfici probabilistiche e geometria di complementarità molecolare portata fino alla sua perfezione finale.
Macromolecules