セリンプロテアーゼ活性部位の坩堝
Macromolecules

セリンプロテアーゼ活性部位の坩堝

活性部位の裂け目の深部に立つと、タンパク質の壁が生きた琥珀と影から削り出された大聖堂の内部のように四方から湾曲して迫り、その表面は数百もの側鎖がファン・デル・ワールス力で緊密に充填された電子密度の濃い物質として半透明と不透明の間を揺れ、温かな金と淡硫黄色の内的な発光を帯びている。空間の中心では触媒三残基が地質学的な巨大建造物の重力で支配的に君臨し、Ser195の酸素が近景で赤熱した炭のように燃え、その孤立電子対の密度が緋色の霞を形成しながら基質の切断される結合のわずか1.5オングストローム先へと引き伸ばされ、His57のイミダゾール環が左の視野全体を温かな琥珀色のステンドグラスの巨大な芳香族パネルとして満たし、プロトン移動の途中で凍りついた移送中の水素がアプリコット色に輝いている。オキサニオンホールでは二つの主鎖N-Hドナーが反応軸の両側から薄青い水素原子を内向きに突き出してカルボニル炭素に冷白色の静電光を投じ、四面体中間体の形成をピンセットのように挟み込む。この反応室全体が——固体であると同時に溶解し、実在すると同時に幻影であるかのように——最外縁のオングストロームで電子確率の量子的な霧へと軟化しながら、化学の精密な一瞬に凍結されて息づいている。

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