세린 프로테아제 활성 부위 도가니 — Macromolecules

세린 프로테아제의 활성 부위 안쪽에서 바라보면, 단백질 벽이 호박색과 짙은 그림자로 이루어진 거대한 성당의 내부처럼 사방을 에워싸며 만곡하고, 수백 개의 촘촘히 맞물린 곁사슬들이 반투명한 전자 밀도의 물결로 표면을 덮고 있다. 전경에는 Ser195의 산소가 붉게 달아오른 숯덩이처럼 타오르며, 그 고독 전자쌍의 밀도가 진홍빛 안개를 이루어 기질의 절단 결합을 향해 팽팽하게 당겨지고 있고, 불과 1.5옹스트롬의 거리에서 공유 결합이 형성되는 바로 그 순간이 시간 속에 동결되어 있다. 왼쪽 시야를 가득 채운 His57의 이미다졸 고리는 호박색 유리 판처럼 드리워져 있으며, 두 질소 원자 사이에서 양성자가 살구빛 빛을 발하며 이동하는 찰나가 포착되어 있고, 그 뒤편 깊숙이 Asp102의 카르복실기는 진홍빛 안개처럼 퍼지는 음전하 밀도로 이 모든 촉매 중계계를 암반처럼 고정시키고 있다. 반응하는 카르보닐 탄소 위에서는 옥사닐 구멍의 두 N-H 공여체가 차가운 백색 정전기장을 아래로 드리우며 집게처럼 사면체 중간체를 감싸고, 주머니 전체는 확률적 전자 밀도의 양자 안개 속에서 고체이면서도 용해된 것처럼, 실재하면서도 유령 같은 것처럼 숨 쉬고 있다.

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